Le Comité des directions (CODIR) est composé, pour chaque CBN, de son directeur ou de son représentant, ainsi que du directeur de la recherche, de l'expertise et des données de l’Agence ou de son représentant.
Il se réunit dix fois par an et rend compte de ses travaux au Conseil.
Le Comité des directions définit les actions et précise le calendrier de réalisation, en tenant compte des orientations et priorités proposées par le Conseil, et en assure le suivi opérationnel en application de l'accord-cadre.
Il désigne en son sein un secrétariat composé conjointement par l’Agence et par l’un des CBN par rotation biennale.
Le secrétariat se charge de l’organisation et de la préparation des réunions du Comité des directions.