Depuis le 1er juin 2017, l'AFB assure la coordination technique des CBN.

La coordination technique vise à appuyer l’élaboration et le déploiement des politiques de l’État et notamment du ministère de l’environnement, dans le domaine de la flore sauvage et des habitats. Elle vise plus particulièrement à mobiliser et organiser les compétences des CBN pour renforcer les capacités scientifiques et techniques en matière de connaissance, de conservation, d’expertise, d’information et d’éducation du public dans les domaines de la flore sauvage, de la fonge, de la végétation et des habitats naturels et semi-naturels. La coordination technique veille à créer des synergies dans l’élaboration des méthodes, référentiels, doctrines et outils utilisés par les CBN dans le cadre de la politique nationale de la biodiversité tout en respectant l’autonomie des CBN et leur périmètre d’action à l’échelle de leur territoire d’agrément. Elle ne vise pas le pilotage des actions qui sont mises en œuvre localement en lien avec les D(R)EAL et les collectivités territoriales.