Les missions de la FCBN visent à appuyer celles des CBN qui portent notamment sur la connaissance et la conservation de la flore et des habitats naturels et semi-naturels. Dans le cadre de ses missions, la FCBN joue un rôle, d’une part, de tête de réseau et d’autre part, de plateforme technique nationale. Elle est ainsi chargée de coordonner les contributions des CBN pour le déploiement des politiques nationales relatives à la flore et aux habitats. Pour y parvenir, elle a été progressivement dotée, à partir de fin 2009, d’une équipe scientifique et technique chargée notamment d’animer et de coordonner l’expertise des CBN au sein de différents groupes de travail.

Les compétences scientifiques et techniques de l’équipe sont mobilisées à travers plusieurs activités de la structure :

• la représentation du réseau,
• l’appui, l’animation du réseau et le développement d’un centre de ressources,
• le soutien aux politiques publiques,
• la production de supports de communication et de diffusion des connaissances.

Plusieurs actions sont conduites au sein de ces principales activités. Ces actions s’inscrivent plus généralement dans la stratégie nationale pour la biodiversité (SNB) qui constitue l’engagement français au titre de la Convention sur la diversité biologique (CDB). La FCBN vise quant à elle, à terme, à constituer un observatoire national de la biodiversité végétale et des milieux naturels et semi-naturels en lien avec l’Observatoire national de la biodiversité (ONB).