Le Conseil est composé, pour chaque CBN, d’une personne désignée au sein de ses instances de gouvernance ou de son représentant, ainsi que du directeur général de l’Agence ou de son représentant. Il élit en son sein le président, parmi les représentants des CBN, pour une durée de deux ans.
Il se réunit au moins une fois par an, à la demande de son président, d’un tiers de ses membres, du ministère chargé de l’environnement ou de l’Agence. Le secrétariat du Conseil est assuré par le directeur général de l’Agence, ou son représentant. Le Conseil s’exprime sur les orientations stratégiques et les priorités d’actions conduites en application de l'accord-cadre.
Les membres du comité des directions participent aux réunions du Conseil.
Le directeur de l’eau et de la biodiversité du ministère chargé de l’environnement, ou son représentant, participe aux réunions du Conseil ; il s’assure que la coordination technique est exercée conformément aux articles L131-9 et L414-10 du code de l’environnement et fait connaître la position de son ministère sur les questions examinées par le Conseil.
Un représentant des directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logement, ou son suppléant, choisi parmi les agents exerçant le suivi d’un CBN, participe aux réunions du Conseil ; il apporte l’expérience et l’expression des besoins des services déconcentrés de l’État dans la mise en œuvre des actions des CBN à l’échelle des territoires.
Un représentant des directions régionales de l’Agence, ou son suppléant, participe aux réunions du Conseil ; il apporte l’expérience et l’expression des besoins des services territoriaux de l’Agence.