Afin de remplir aux obligations du rapportage qui a lieu tous les 6 ans, la FCBN a animé le travail de deux groupes d'expertise thématiques "flore" et "habitats". Ces groupes sont eux-mêmes subdivisés en sous-groupes plus spécialisés afin de répondre plus précisément aux besoins de renseignement des formulaires d'évaluation. Ces groupes de travail sont constitués par des experts des CBN ainsi que d'experts appartenant à diverses structures.
L'animation visait à préciser le cadre méthodologique proposé par l'Europe pour chacun des groupes taxonomiques ou groupes d'habitats (forestiers, aquatiques et humides, littoraux, rocheux). De plus, la FCBN coordonnait la remontée de données et d'informations "flore" et "habitats" recueillies auprès des CBN et auprès d'autres structures disposant d'éléments utiles au rapportage.
L'amélioration des connaissances sur les taxons et habitats à évaluer est par ailleurs assurée par différents programmes qui sont menés par les CBN depuis 2011.
Depuis 2017, la coordination des actions visant le remplissage des formulaires d'évaluation "flore" et "habitats" est assurée par le SCTCBN au sein de l'AFB
